W wyniku porozumienia niemiecko-radzieckiego z 23 sierpnia 1939, doszło we wrześniu 1939 r. do kolejnego rozbioru Polski. Przebieg linii granicznej rozdzielającej obu agresorów zatwierdzono 28 września 1939 r. Wojska najeźdźców, które wcześniej znalazły się poza wyznaczoną linią, musiały wycofać się na przyznane sobie terytorium.
Niemcy już od 1 września 1939 r. traktowali ludność żydowską z ogromną brutalnością, toteż tysiące Żydów przeszły na wschodnią stronę linii granicznej. Późniejsze sowieckie deportacje na wschód objęły także społeczność żydowską. Podczas trzeciej, trwającej od maja do lipca 1940 r. fali deportacji, Żydzi z centralnej i zachodniej Polski stanowili ok. 80% deportowanych.
Po podpisaniu 30 lipca 1941 r. układu Sikorski–Majski, doszło do „amnestii”. Wieść o amnestii docierała do obywateli polskich z opóźnieniem, a w wielu przypadkach nie dochodziła wcale, gdyż komendanci miejsc, w których osadzono deportowanych, obawiali się utraty niewolniczej siły roboczej.
